NAF's arbejde er overordnet defineret af Handlingsplan for Fiskeri, Landbrug, Skovbrug og Levnedsmidler 2005 - 2008 (FJSL 2005 - 2008), som igen er forankret i Strategien for Bæredygtig Udvikling. I disse to planer defineres de områder indenfor hvilke NAF kan arbejde.